Analiziramo li vanjsku politiku Grčke prema zemljama bivše Jugoslavije tokom devedesetih godina prošlog stoljeća, veoma lahko možemo primijetiti jasno zauzimanje stavova prema određenim akterima u ratovima koji su se vodili u periodu od 1991. do 1999. godine. Naime, tadašnji grčki politički predstavnici, a posebno premijeri Konstantin Mitsotakis (1990-1993) i Andreas Papandreu (1993-1996), te zamjenik ministra vanjskih poslova George Mangakis, kategorično su bili na strani Srbije koju je tada suvereno vodio Slobodan Milošević. Početkom agresije na Bosnu i Hercegovinu, Milošević i politički lider bosanskih Srba Radovan Karadžić, bili su česti gosti različitih grčkih funkcionera koji su svaku priliku koristili da im iskažu podršku u ratnim aktivnostima na području Bosne i Hercegovine.
Prema pisanju grčkog novinara Takisa Michasa u djelu Nečasni savez – Grčka i Miloševićeva Srbija, grčka nakolnost prema Srbima je išla tako daleko da je ostrvska općina Zakinthos 1993. godine Radovanu Karadžiću dodijelila titulu počasnog građanina. Kada je riječ o Miloševiću, njegovi zahtjevi prema “grčkim prijateljima” su redovno ispunjavani u vidu različite podrške, na što je on znao odgovoriti idejom o stvaranju konfederacije između Srbije i Grčke, uz uključivanje cjelokupne teritorije Makedonije koja bi prema tom planu trebala biti podjeljena ravnopravno između Srbije i Grčke. Na ovu ideju pomenuti trojac Papandreu, Mitsotakis i Mangakis regirali su izuzetno pozitivno, zanemarujući suverenitet i teritorijalni integritet susjedne Makedonije. Upravo se na odnosu prema Makedoniji primjećuje da, iako su svoje savezništvo sa Srbijom pravdali vjerskom poveznicom, to ipak nije toliko istinito jer su Makedonce koji su također većinski pravoslavci tretirali znatno drugačije u odnosu na Srbiju. Čvrste stavove u vanjskoj politici prema Srbiji i Makedoniji bitnije nisu promijenili do danas, što je mnogim evropskim analitičarima u nekim trenucima bilo enigma jer je Grčka članica Evropske unije i NATO-a. Koliko su radili pojedini grčki zvaničnici u suprotnosti sa tadašnjom politikom NATO-a svjedoči zapis iz grčkog dnevnika Eleftherotypia u kojem je zabilježen sastanak ministra vanjskih poslova tadašnje SR Jugoslavije, Vladislava Jovanovića i grčkog premijera Andreasa Papandreua, na kojem je Papandreu kritizirao NATO zbog njihovog djelovanja u Bosni i Hercegovini.
Samuel Huntigton zbog ovakvog i sličnih držanja Grčke tokom devedesetih, u autorskom djelu The Clash of Civilizations and the Remaking of World Order, konstatira da je Grčka u tom periodu prestavljala jednu vrstu anomalije u sklopu NATO-a. Stavovi Grčke prema ratu u Bosni i Hercegovini se nisu mijenjali tokom čitavog njegovog toka, o čemu svjedoči nepromjenjen odnos prema srpskim liderima čak i nakon genocida u Srebrenici 1995. godine. Da je Grčka bila odlučna u svojoj jednostranoj podršci politici Srbije primjer je i 1999. godina i rat na Kosovu kada je Srbija krenula u etničko čišćenje Albanaca. Godinu dana prije dešavanja na Kosovu tokom posjete predsjednika Sjedinjenih Američkih Država Billa Clintona Atheni, održan je protest većeg broja građana koji su na taj način odlučili izraziti svoje nezadovoljstvo politikom Sjedinjenih Američkih Država na Balkanu. Tokom rata na Kosovu, anti NATO i anti Američka kampanja su bile izuzetno izražene u Grčoj javnosti, o čemu govori i poznata fotografija nastala u proljeće 1999. godine kada grupa demonstranata ritualno pali lutku sa likom tadašnjeg predsjednika Sjedinjenih Američkih Država.
Podrška srpskim vojnim kampanjama u Bosni i Hercegovini i na Kosovu bila je izuzetno bitna, jer osim političke podrške, grčka vlast i kontraverzni biznismeni koji su joj bili bliski, podržavali su Srbiju i logistički putem isporuka goriva i ostalih potrebnih stvari. Grčka kontinuirana podrška Srbiji u ratovima tokom devedesetih, te zategnuti odnosi prema susjednoj Makedoniji koji su potrajali faktički sve do skorašnje promjene zvaničnog imena ove zemlje u Sjeverna Makedonija, oblikovali su većinom vanjsku politiku Grčke prema bivšim jugoslovenskim republikama.
Grčki stavovi prema Bosni i Hercegovini i Kosovu dodatno su zakomplikovali njenu relaciju sa Turskom, što je još jednom pokazalo svu osjetljivost balkanskih odnosa i njihovo preljevanje na druge odnose u Evropi i svijetu. Obje države, i Grčka i Turska, članice su NATO saveza pa ta činjenica zasigurno amortizuje situaciju koja je decenijama napeta izmedju te dvije zemlje. Da NATO, i pored svih različitosti, pozitivno doprinosi međusobnim odnosima zemalja članica, govori i prijem Makedonije u NATO koji je relaksirao napetosti u tom dijelu Zapadnog Balkana. Van granica NATO-a u ovom dijelu svijeta su ostali samo još Srbija, Bosna i Hercegovina i Kosovo, čija bi integracija u Savez konačno stavila tačku na sigurnosna pitanja na jugoistoku Evrope.
